In 2000 besliste de regering dat haar beleid nood had aan meer wetenschappelijke ondersteuning. In 2001 werden de ‘steunpunten voor beleidsrelevant onderzoek' opgericht. Dit waren consortia van verschillende universiteiten die, telkens rond een bepaald beleidsthema, gedurende vijf jaar samen en op geïntegreerde wijze wetenschappelijk onderzoek zouden verrichten met een directe relevantie en bruikbaarheid voor het beleid. In deze fase werden twaalf steunpunten opgericht.
In een volgende fase, in 2006, besliste de Vlaamse regering, na evaluatie van de bestaande steunpunten, om de formule verder te zetten. Inhoudelijk werden enkele wijzigingen aangebracht. Eén daarvan was de oprichting van het Steunpunt Duurzame Ontwikkeling, ter ondersteuning van het Vlaamse beleid inzake duurzame ontwikkeling, dat nog van prille oorsprong is.

Het Steunpunt Duurzame Ontwikkeling is een interdisciplinair samenwerkingsverband tussen de Katholieke Universiteit Leuven, de Universiteit Gent en de Vrije Universiteit Brussel. Het Centrum voor Duurzame Ontwikkeling (UGent), de Vakgroep Menselijke Ecologie (VUB), HIVA - onderzoeksinstituut voor Arbeid en Samenleving en het Instituut voor Internationaal en Europees Beleid (KUL) zijn de deelnemende onderzoeksgroepen.